הספר ישראל בעל שם טוב ובני דורו: מקובלים, שבתאים, חסידים ומתנגדים דן במקורות השראתה של החסידות ובנסיבות ההיסטוריות בהן נוצרה בזיקה לקבלה, למשיחיות ולשבתאות. הקבלה ניסחה בלשון מיסטית את דרכי המעבר העלֿהיסטורי מגלות לגאולה, עיצבה מחדש את יחסי הנגלה והנעלם, והגדירה מכיוונים בלתי צפויים את יחסי האל, האדם והעולם. הדיון מוקדש לרקע ההיסטורי, החברתי והתרבותי של חיי היהודים בגלות, במציאות שהביאה לעליית קבלת הזוהר, לצמיחת החסידות הקבלית בעקבות דור גירוש ספרד, בהשראת קבלת צפת. מציאות זו הניעה את התפשטות המשיחיות השבתאית בעקבות פרעות ת"ח ות"ט שהחריבו את קהילות אוקראינה ושהעלתה את החסידות הקבלית החדשה שהפיצו ר' ישראל בעל שם טוב ותלמידיו.הספר דן בדמותו של ר' ישראל בעל שם טוב, עליו אמרו בני דורו: "אחד היה ומהראשונים לא קם כמוהו"; בעולמם של ראשוני החסידים שפעלו במחוזות שהשבתאות פרחה בהם, בתורה החסידית ובמקורותיה המיסטיים והקבליים, ובתיאור המציאות ההיסטורית שבה הקבלה, המשיחיות, השבתאות והחסידות נקשרו זו בזו בתודעתם של 'המתנגדים', שהפכו במאה הי"ח למנהיגי 'החברה הרודפת' בעולם היהודי. הבעש"ט ראה במסורת הקבלית תשתית לחידוש הגלום בתפישת העולם החסידית ומסד חיוני לקירוב הגאולה, ותלמידיו עשו כל אשר היה לאל ידם כדי להפיץ את הקבלה ואת ביאוריה החסידיים. ואילו מנהיגי 'החברה הרודפת', חכם צבי, ר' משה חאגיז, ר' יעקב יהושע פאלק, ר' חיים הכהן ראפאפורט, ר' יעקב עמדן, ר' יחזקאל לנדא והגאון מווילנה, פעלו בעולם שהקבלה איימה על מקור תוקפו והשבתאות ערערה על יסודותיו. 'המתנגדים' נקטו כל דרך כדי לאסור על הדפסת ספרי קבלה, שבתאות וחסידות, והטילו חרמות ונידויים לשם הגבלת לימודם ולמניעת הפצתם.הספר מסתיים בדיון במניעיהם ובפעולותיהם של המחרימים והרודפים, שקשרו בין הקבלה, המשיחיות, השבתאות והחסידות, אסרו על לימוד הקבלה ברבים, רדפו את השבתאים ואת החסידים, החרימו את ר' יהונתן אֵייבשיץ כמנהיג שבתאי, והחרימו את חסידי הבעש"ט כשבתאים, על לא עוול בכפם. כמו כן הספר דן במקובלים, בשבתאים, במומרים, במקדשי השם, בחסידים ובמתנגדים, ברודפים ובנרדפים, בזיקה לרעיון המשיחי ולגילוייו ההיסטוריים בראשית העת החדשה.