במאה השש־עשרה, בעיקר לאחר השתלטות העות'מאנים על הארץ, התכנסה בצפת קבוצה של אישים יהודים בעלי שיעור קומה, בהם ר' יוסף קארו בעל שולחן ערוך, האר"י הקדוש ותלמידו ר' חיים ויטאל, ר' משה קורדובירו, ר' שלמה אלקבץ, וראש המשוררים ר' ישראל נג'ארה. אישים אלו עיצבו מחדש, איש איש בדרכו, את התרבות והמסורת היהודית לדורות הבאים. זה היה רגע היסטורי מכונן, פריחה יוצאת דופן גם אם קצרת ימים. למרות זאת, התודעה ההיסטורית היהודית המודרנית, ובמיוחד הזיכרון הקולקטיבי הישראלי, מאופיינים ביחס מסויג ואמביוולנטי כלפי צפת, ואף בהתעלמות ממנה. דחייתה של צפת ההיסטורית נכרכה בדחיית מורשתה, אף על פי שמורשת זו הוסיפה להתקיים בעולמם של יהודים רבים.
הספר תודעת משנה, תודעת מקרא: צפת והתרבות הציונית בוחן את תודעתם של מתיישבי צפת במאה השש־עשרה למול התודעה הציונית המודרנית, ומציג אותן כשני מודלים תיאולוגיים־פוליטיים של התיישבות בארץ ישראל: האחד מושתת על המשנה והאחר על המקרא. אישי צפת פנו אל הארץ בתקופה שלאחר חורבן המקדש וביקשו להתחבר אל התנאים – בראש ובראשונה אל ר' שמעון בר יוחאי, שלו יוחס גם ספר הזוהר. הציונות, לעומת זאת, נשאה את עיניה אל תקופת הכיבוש וההתנחלות, במיוחד אל יהושע והשופטים, באופן שעולה בקנה אחד עם התפיסה המערבית הנוצרית המודרנית. צפת אינה מוצגת בספר כחלופה לציונות, אלא משמשת בו מראה לבירור מושגים כמו לאומיות, חילון ומסורת. ההתמקדות בצפת וביחס כלפיה, נטען, פותחת פתח לניסוח מחודש של התרבות המודרנית בכלל, והתרבות הישראלית היהודית בפרט.